Olayı biraz araştıranlar Cem Sultan'ın haklı olduğunu ve hatta II. Bayezid tarafından hayatının cehheneme çevrdildiğini görürler. Birçok tarihçinin kabul ettiği gerçek şudur ki;
Fatih Sultan Mehmet kendisinden sonra tahta geçmesi için Cem Sultan'ı uygun görmüştür ve asıl sevdiği oğluda odur. Cem Sultan'ı eğitim için Konya'ya gönderir. Fatih öldüğünde bunu haber vermesi için Cem Sultan'a gönderilen haberci öldürülür. Bunda II.Beyazid'in fazla zeki olmamasından ve kullanılabilir olmasından yararlanmak isteyen sarayın önde gelenlerinin payı olduğu düşünülüyor. Zaten bu kişilerde Bayezid'i desteklemiştir. Cem Sultan yandaşlarından başka bir haberci Konya'ya giderek olayı haber verir fakat çok geçtir, Bayezid tahta geçer. Bunu öğrenen Cem Sultan Bursa'ya gider ve hükümdarlığını ilan eder. Bayezid ile arasında savaşlar olur. Güçlü Osmanlı ordusuna dayanamayan Cem Sultan rodosa sığınır. Oradan Papalık onu eline alır ve Papa ile arasında şu meşhur diyalog geçer;
Papa: Hıristiyanlığı kabul etmen karşılığı sana Osmanlı tahtını vaadediyorum.
Cem Sultan: Bin milket-i osman olsa dinimden geçmem
Papa: Öyleyse burada köpek gibi sürün
Cem Sultan: Osmanlı'dan size bir köpekten başka ne gelmesini beklerdiniz.
Sonuçta Cem Sultan zindana atılır ve Bayezid papalığa onu orada tutması için her ay para gönderir. Orada bir prens ile tanışır. Prens oradan kurtulup yönetimi ele geçirince Cem Sultan'a özgürlük verir. Bu arada Cem Sultan bir prenses ile aşk yaşar. Neyse Cem Sultan 25 Şubat 1495 vefat eder.
Cem Sultan enelektüel ve kültür sahibi biri olmasının yanında başa gelse Osmanlı'ya ve dolayısıyla belki bize büyük katkı sağlayacaktı. II. Bayezid ise elle tutulur bir başarının olmamasının yanı sıra başa geldiğinde babasının yaptırdığı resim ve gravürleri kapattıracak kadar bağnaz bir insandır..